חברת הליבה של LabDAO, לילי הנסן-גיליס
SynBioBeta.
פרויקט Folding@home עלה לכותרות לאורך מגיפת ה-COVID-19 על יצירת כוח מחשוב לא מנוצל כדי לחקור את מרחב החיפוש של קיפול חלבון כדי להתמודד עם נגיף הקורונה החדש. היוזמה, המעצימה את האזרחים להיות מדענים בפני עצמם, הריצה סימולציות בקנה מידה גדול של תצורות מולקולריות שונות של חלבונים על פני רשת מבוזרת של מחשבים "נרשמים" ברחבי העולם.
הפרדיגמה המבוזרת הזו התבשרה על קירוב אנשים סביב בעיה משותפת ומיקור כוח מחשוב ביעילות, אבל מה אם כוח המחשוב ותשתית פתרון הבעיות היו הפוכים? במילים אחרות, מה אם אנשים יכלו לנהל פרויקטים משלהם על ידי ניצול כוח מחשוב מצטבר ו הכלים לניסויים ביולוגיים לאתחל?
LabDAO הופכת את החלום הזה למציאות עם פלטפורמת PLEX שלה. PLEX הוא כלי שורת פקודה בקוד פתוח שנועד להנגיש לא רק משאבי מחשוב אלא גם מגוון כלי למידת מכונה ביולוגית (שטבעו את חבילת "BioML" בתוך LabDAO) על פני מגוון רחב של רקעים. בין אם מתנסים עם עגינה של מולקולות קטנות או סימולציות של קיפול חלבון משלו, PLEX מאפשר למשתמשים להיכנס לספריית הכלים של LabDAO, לשתף תוצאות ולהמחיש אותן תוך פחות מחמש דקות.
חבילת הכלים הזו והפלטפורמה המאפשרת את השימוש שלה על גביה הוצגה בפסגת הבלוקצ'יין פוגשת ביולוגיה של זוזאלו בתחילת אפריל, שם חברת LabDAO Core Team Lily Hansen-Gillis הדגימה מתחילתו ועד סופו סימולציה של דינמיקה מולקולרית פנימית של חלבון כדי למצוא את התצורה היציבה ביותר שלו. אחר כך, כ"לא-קודדנית", היא הובילה את הקהל דרכו מתחילתו ועד סופו - הכל עם מחשב, WiFi, PLEX בשורת הפקודה, ותו לא.
באופן רחב יותר, LabDAO היא פלטפורמה מבוזרת התומכת ב-web3 (חלק מתנועת "DeSci" הגדולה יותר) המחויבת ליצור סביבה פרודוקטיבית יותר לגילוי תרופות המופעלות בקוד פתוח. על ידי הפיכת כלים ומשאבים בקדמת הקצה לזמינים למערכת אקולוגית רחבה יותר, LabDAO שואפת ליצור את הסביבה המתאימה להתקדמות מדעית שקופה ונגישה. בין אם על ידי ביטול הצורך של חוקרים בחומרה משלהם או תשתית מחשוב משלהם או פרסום תוצאות של ניסויים בפנקס בלוקצ'יין כך שניתן יהיה לטפל בהם וניתן לשחזור, הארגון מחויב לאפשר יותר חדשנות באמצעות שיתוף פעולה - פירוק מחסומים הנגרמים על ידי עניים שימושיות ומומחיות נישה מגוונת.
המאמצים של LabDAO לבנות את עולם העתיד הזה של DeSci להיום קיבלו לאחרונה דחיפה בדמות סבב גיוס של 3.6 מיליון דולר מארגוני DAO שונים אחרים, Inflection.xyz, Balaji Srinivasan ואחרים. זרם זה של תמיכה יתרום למאמצים המתמשכים לבנות כלי תוכנה בקוד פתוח ולחזק את האקולוגית המחקרית של LabDAO.
באשר ל-PLEX עצמה, הצעדים הבאים המיידיים באופק כוללים בדיקת הפלטפורמה בשיתופי פעולה מדעיים שונים, מיכל כלים שונים וצבירת החומרה הדרושה לטיפוח רשת BioML.
באשר לטווח הארוך, אולי התרופה הבאה מצילת חיים במהלך התפרצות המחלה הזיהומית הגדולה הבאה תתוכנן בכוח של PLEX, צעד מבוזר אחד קדימה בכל פעם. ככל שהמערכת האקולוגית ממשיכה לגדול, רק הזמן יגיד.
תודה גם לך עיישני אטרש למחקר נוסף ודיווח על מאמר זה. אני המייסד של SynBioBeta, וחלק מהחברות שאני כותב עליהן הן נותנות חסות ל- כנס SynBioBeta. לתוכן נוסף, אתה יכול להירשם ל העלון השבועי שלי.
מקור: https://www.forbes.com/sites/johncumbers/2023/06/02/labdao-is-charting-the-future-of-open-source-ai-for-drug-discovery/